Modificamos dentro de la Master Page correspondiente, ya sea una personalizada o la V4.master, vaya, la que estemos utilizando en nuestro portal, y en la parte del Head de la master page, va el siguiente código:
<sharepoint:spshortcuticon id="SPShortcutIcon1" runat="server" iconurl="/Style Library/images/favicon.ico"/>
Esto no funciona ni con Firefox ni con Chrome, así que es recomendable añadir también las siguientes lineas para que funcione en estos navegadores.
<link rel="shortcut icon" type="image/x-icon" href="/Style Library/images/favicon.ico" />
<link rel="icon" type="image/ico" href="/Style Library/images/favicon.ico" />
Espero que os sirva de ayuda.
Saludos.